Баргузинский заповедник стал первым в России государственным заповедником. Он был создан с целью сохранения и изучение соболя. В начале 20-го века из-за неограниченного отстрела соболь, некогда заселявший огромную территорию от Северного Приуралья до Сахалина, оказался на грани исчезновения. 

Таким образом главной причиной создания заповедника явилось катастрофическое падение пушного и, в частности, соболиного промысла. Как бы цинично это не звучало, но заповедник изначально был создан для того, чтобы было на кого охотиться и тем самым продолжать наживаться на торговле мехом. В начале века с этой целью были организованы экспедиции на Байкал, Камчатку и Саяны. По результатам обследования в числе других заповедников был спроектирован и Баргузинский заповедник. 

Первоначально под заповедник отводилась территория в 200 тыс. га, к которой с севера примыкал Баргузинский казенный охотничий участок площадью около 300 тыс. га, призванный служить своего рода экспериментальной базой соболиного заповедника. 

Первые годы существования заповедника совпали с периодом революции, гражданской войны и послевоенной разрухи. В 1917 году весь штат охраны заповедника и казенного охотничьего участка составлял всего 5 человек. Лишь благодаря их самоотверженности территория заповедника была сохранена от разграбления в эти трудные годы. Тем не менее особых успехов в разведении соболя также не было достигнуто. К 30-м годам XX-го столетия соболь был почти полностью истреблен в пределах края и оставался здесь в небольшом числе в немногих обособленных участках. 

В августе 1926 года Совнарком РСФСР подтвердил учреждение Баргузинского соболиного заповедника с научно-промысловой станцией и питомником промысловых животных. В 1937 году площадь абсолютного заповедника была расширена до 570 тыс. га за счет упразднения охотничье-эксплутационного участка и распространения заповедного режима на его территорию. 

В 1951 году площадь заповедника была сокращена до 52,4 тыс. га, а отчужденная территория была передана Северо-Байкальскому и Баргузинскому лесхозам. В 1958 году заповедник расширили до 248 тыс. га, включая 15 тыс. га прибрежной акватории Байкала. В 1968 и 1975 годах вдоль северной и южной границ были установлены охранные зоны в 90 тыс. и 5,4 тыс. га соответственно. В 1986 году после создания Прибайкальского национального парка северная охранная зона последнего отошла под его управление.